大规模、集约化畜牧场的出现，大量的畜禽粪、尿和污水导致环境污染，国外曾有“畜产公害”之称。目前，我国的“畜产公害”十分严重。对畜禽粪尿污染的治理方法很多，如沼气发酵，还有快速烘干等，还可利用某些微生物对废弃物的分解，将自然界的生物循环引导到更利于维护生态环境的方向。近年来各国微生物专家研制出一批用于处理畜禽粪便和治理污水的微生物生态环境保护剂，如用于养猪业的环境清洁剂——木糠床微生态菌剂，在许多国家和地区都已广泛应用。中国台北在推广木糠床养清法过程中，研制出适合于高温、潮湿气候的亚罗康免洗猪舍养猪法，亚罗康微生物制剂除具有活菌饲料添加剂的功能外、还有消除畜禽粪便恶臭、净化饲养环境的独特功效。微生物生态环保制剂还包括快速堆肥制剂和污水处理微生态菌剂等。
微生物在环境保护中的作用
1、微生物是自然界最重要的分解者,对维持生态平衡重的物质循环、分解生物遗体有极为重要的作用.
2、一些自养微生物,如蓝藻,还有一些浮游微生物,是食物链的起始端.
3、有些微生物可以分解有毒物质,对污水处理、自然界自净作用有很重要的意义.
4、迄今为止,能够分解石油等烃类有机物的只有微生物,对处理石油污染有很重要的作用.
5、在一些没有阳光的地方,自养微生物是整个生态链的基础.如海底热液孔生态中的硫细菌.
6、能够致病的微生物能够控制它们的寄主的数量,甚至影响寄主的进化方向,对整个生态平衡有很重要的作用.
7、一些动物和植物都有共生微生物,如果缺少这些微生物,它们的生长就会受到不同程度的影响.如豆科植物和根瘤菌、地衣中的真菌.
