有机肥料要结合深耕耙地施入土壤耕层。有机肥料需要经过分解和转化，才能释放出养分供作物吸收，与有机肥料搭配使用的氮素化肥，氮素化肥不宜浅施或浇水前施用。氮素化肥施入土壤后一般要转化为铵态氮，容易随水流失或受光热作用而挥发，失去肥效。两者配合施用就可以相互取长补短，充分发挥各自的特点宜做底肥或追肥，而磷肥可以随有机肥一起下地做底肥。
化学肥料与有机肥料配合施用是一项科学施肥的决策。这是由有机肥料和化学肥料的性质与特点所决定的。现就有机肥料和化学肥料的特点。有机肥料的长效性不能代替化学肥料的速效性，必须根据不同作物和土壤，再配合尿素、配方肥等施用，才能取得最佳效果。含氯的化肥不宜使用在盐碱地和忌氯作物上。忌氯作物有烟草、水果、甜菜、薯类、西瓜等。铵态氮肥不宜与草木灰等碱性肥料混合使用。磷肥不宜分散使用。磷肥中的磷元素容易被土壤吸收固定，失去肥效，应先将磷肥与积肥混合堆沤一段时间，再沟施或穴施于作物根系附近。钾肥不宜在作物生长后期使用。稀土肥料不宜直接施于土壤中。不宜不分作物品种和生育期滥施肥料。例如，一次性施用化肥过多或施肥后土壤水分不足，会造成土壤溶液尝浓度过高，作物根系吸水困难，导致植株蔫，甚至枯死。施氮肥过量，土壤中有大量的氨或铵离子，一方面氨挥发，遇空气中的雾滴形成碱性小水珠，灼伤作物，在叶片上产生焦枯斑点；另一方面，铵离子在旱土上易硝化，在亚硝化细菌作用下转化为亚硝铵，气化产生二氧化氮气体会毒害作物，在作物叶片上出现不规则水渍状班块，叶脉间逐渐变白。此外，土壤中铵态氮过多时，植物会吸收过多的氨，引起氨中毒。
